وأكد أبو الفتوح - في مؤتمره الطلابي الحاشد في جامعة سوهاج الاثنين -إن الاخوان فصيل وطني وجزء من هذا الوطن شأنهم فى ذلك شأن التيارات اليسارية والليبرالية، فلا يجب تصنيف التيارات السياسية وفقا لدينها بأن نطلق عليها إسلامية وغير إسلامية، حيث لا يوجد تيار سياسي في مصر ضد الإسلام كما أن الشعب المصري لن يقبل برئيس غير متصالح مع الدين.
كما أعرب عن رفضه لسياسة الإقصاء للمخالفين في الرأي أو الفكر أو المعتقد، متهما بعض وسائل الأعلام بانتهاج ما وصفه "بوسائل التخوين والاقصاء المتعمد" التي تصل في بعض الأحيان إلى التحريض.
وأضاف "أن التيار السلفي كذلك تيار وطني، رغم اختلافنا مع بعض أفكاره كما نختلف مع بعض آراء التيارات الأخرى, إلا أننا نرفض بشدة إقصاء أي تيار لمجرد اختلافنا معه، فالسلفيون شأنهم شأن بقية التيارات ودخولهم في العمل العام سوف يطور من أدائهم".
وأبدى أبو الفتوح انزعاجه الشديد بما يقوم به بعض المسئولين في الدولة وعدد من وسائل الاعلام بتخوين حركة 6 أبريل ووصفها بالعمالة دون دليل واضح تقدمه للنيابة العامة، قائلا: "لو سمحنا بتجريح تيار أو حركة دون دليل فسيتم تجريح كل المصريين في المستقبل، وهذا ما لن نقبله أبدا".